From FA(3) spec:

ZnacznikZaplatyCzesciowej

Znacznik informujący, że należność wynikająca z faktury została zapłacona w części lub w całości Podaje się: - „1” - w przypadku, gdy należność wynikająca z faktury, została zapłacona w części, - „2” - w przypadku, gdy należność wynikająca z faktury została zapłacona w całości - w dwóch lub więcej częściach, a ostatnia płatność jest płatnością końcową.

In our case, we issue invoices which consist of multiple partial payments which sum up to the total value. 2 sounds like the best indicator here, however it is not supported in the template.